20 đội bóng được chia đều vào 3 bảng theo khu vực địa lý để thi đấu như sau:

• Bảng A (6 đội): Hà Nội ACB, Hà Nội T&T, Hòa Phát Hà Nội, Nam Định, Than Quảng Ninh, V&V United.
• Bảng B (6 đội): Khatoco Khánh Hòa, Lam Sơn Thanh Hóa, SHB Đà Nẵng, Sông Lam Nghệ An, SQC Bình Định, Vicem Hải Phòng.
• Bảng C (8 đội): An Giang, Đồng Nai Berjaya, Đồng Tâm Long An, Navibank Sài Gòn, TDC Bình Dương, TĐCS Đồng Tháp, XSKT Cần Thơ, Scavi Rocheateau.

Các đội thi đấu vòng tròn hai lượt tính điểm, xếp hạng ở mỗi bảng để chọn tám đội vào thi đấu ở Vòng chung kết:

+ Sáu đội xếp thứ nhất và thứ nhì của cả ba bảng.

+ Đội xếp thứ ba bảng C.

+ Chọn một đội trong số hai đội xếp thứ ba của hai bảng A & B có điểm và các chỉ số cao hơn; đội xếp thứ ba tại hai bảng A & B không tính kết quả hai trận đấu lượt đi và lượt về với đội xếp thứ sáu ở cùng bảng.

8 đội lọt vào vòng chung kết nói trên sẽ được bắt cặp thi đấu theo thể thức loại trực tiếp 2 trận lượt đi và lượt về trên một sân. Sau hai lượt trận đội nào ghi nhiều bàn thắng hơn sẽ là đội thắng. Nếu sau 90 phút thi đấu chính thức của trận lượt về tổng số bàn thắng của hai đội bằng nhau, hai đội sẽ thi đá luân lưu 11m để xác định đội thắng. Đội thắng ở Tứ kết được quyền thi đấu trận bán kết.[5]